Schon zur Zeit des Edelgeschlechtes der Rottenbacher wird – noch im 11. Jahrhundert oder zu Beginn des 12. Jahrhunderts – eine erste Kapelle aus Holz auf dem Areal der späteren Pfarrkirche mit einem Friedhof errichtet worden sein.

Im 11. Jahrhundert wurde – ausgehend vom Bistum Passau – für das Gebiet von Hofkirchen a. d. Tr. und die Umgebung eine Großpfarrei gegründet, welche auch für die Seelsorge der Menschen im Gebiet von Rottenbach zuständig war. Diese Zuständigkeit setzte sich bis in die ersten Jahrzehnte des 14. Jahrhunderts fort. Die Pfarre Rottenbach wird als solche erstmals in einer Abschrift des vom Bistum Passau im Jahr 1330 angelegten Verzeichnisses seiner Pfarren („Lonsdorfer Matrikel“) angeführt. Die Pfarre Rottenbach ist dabei freilich unter den Pfarren des damaligen Dekanates Gallneukirchen eingereiht. Diese Eintragung wird demnach erst nach dem Jahr 1330 vorgenommen worden sein.

Hinsichtlich der Erhebung der Kirche von Rottenbach zur Pfarrkirche ist heute keine Urkunde mehr bekannt. Die Erhebung zur Pfarre muss nach dem Jahr Jahr 1330 und vor dem Jahr 1357 erfolgt sein. In einer kirchlichen Urkunde aus dem Jahr 1357 (Verleihung der Rechte der Pfarrkirche an die Kapelle in St. Georgen bei Gr.) wird auch die „Rottenpeckher Pfarr“ (im Zusammenhang mit dem Hof des Röther) angeführt. Die erste bekannte Nennung der Pfarre Rottenbach in einer nichtkirchlichen Urkunde stammt aus dem Jahr 1360 (Verkauf des Zehents auf dem Geyrhof).

Die geistliche Lehenschaft hinsichtlich der selbstständigen Pfarre Rottenbach lag in der Zeit der Zugehörigkeit zum Bistum Passau beim Bischof von Passau, d. h., dieser setzte die Pfarrer in Rottenbach ein. So stammten vor der Gründung der Diözese Linz (1785) nicht wenige in Rottenbach eingesetzte Pfarrer aus Bayern. Das Recht der Kirchenvogtei (weltlicher Schutzherr der Pfarrkirche) lag Jahrhunderte hindurch bei der Grundherrschaft Starhemberg.

Die Pfarre Rottenbach behielt in der Zeit bis zum 16. Jahrhundert nicht durchgängig den Status als selbstständige Pfarre. Den Passauer Konsistorialmatrikeln des Jahres 1429 zufolge war Rottenbach in diesem Jahr wieder ein Vikariat der Pfarre Hofkirchen a. d. Tr. Demgegenüber wird Rottenbach in einer Aufzählung der Pfarren in Bezug auf das Jahr 1436 als selbstständige Pfarre angeführt.

Als erster namentlich bekannter Pfarrer in Rottenbach im 15. Jahrhundert ist Konrad Schmaus anzuführen; dieser wird in dem im Jahr 1472 verfassten Stiftbrief des Hans Innerseer als Pfarrer genannt (St.-Magdalena-Benefizium).

Die Visitation der Rottenbacher Pfarre im Jahr 1544 gibt einen Hinweis darauf, dass Rottenbach im betreffenden Jahr eine selbstständige Pfarre war. Der wechselnde Status der Pfarre Rottenbach zeigte sich im 16. Jahrhundert auch noch zur Zeit von Pfarrer Johann Anzengruber (1555 bis 1597).

Johann Anzengruber wurde während seiner Zeit in Rottenbach zu einem überzeugten Anhänger der lutherischen Lehre. So hat sich in der zweiten Hälfte des 16. Jahrhunderts (nach etwa 1560) die überwiegende Mehrheit der Bevölkerung von Rottenbach – wie im gesamten Land ob der Enns – zum evangelischen Glauben bekannt.

Nach einem weiteren lutherischen Pfarrer wurde in Rottenbach mit Paul Stockher (1598 – 1610) wieder ein katholischer Pfarrer eingesetzt. Viele Bewohner von Rottenbach blieben von ihrer inneren Einstellung her aber noch bis zu den 1630-er Jahren (und zum Teil noch länger) lutherisch gesinnt.

Rottenbach blieb ab dem 17. Jahrhundert durchgängig eine selbstständige Pfarre. Die Kirche St. Ägidius zu Niedernhaag (vom 14. Jahrhundert an) und die Kapelle St. Veit zu Obernhaag (vom 15. Jahrhundert an) waren jeweils eine Filialkirche der Pfarre Rottenbach bzw. zeitweise eine Filialkirche der Pfarre Hofkirchen a. d. Tr. (soweit Rottenbach vorübergehend wieder ein Vikariat der Pfarre Hofkirchen a. d. Tr. war). Das Vikariat Haag a. H. wurde erst im Jahr 1883 zur selbstständigen Pfarre erhoben.

Nach der ersten Kapelle aus der Zeit des Edelgeschlechtes der Rottenbacher wird zur Zeit der erstmaligen Erhebung von Rottenbach zur Pfarre (vor den Jahren 1357 bzw. 1360) eine schon größere gemauerte Kirche errichtet gewesen sein. Der Landeshistoriker Benedikt Pillwein verwies auf das Bestehen einer Pfarrkirche in Rottenbach im Jahr 1387.

Die Pfarrkirche zum hl. Petrus (in der heute bestehenden Form) muss aber in der Zeit der Spätgotik größere stilmäßige Änderungen und eine neuerliche Erweiterung erfahren haben. Das einschiffige dreijöchige netzrippengewölbte Langhaus stammt vermutlich aus der Zeit zwischen 1500 und 1520. So sind im Zuge der Innenrenovierung im Jahr 1956 im Gewölbe des Presbyteriums (Altarraum in der Verlängerung des Langhauses) aus dem Jahr 1524 stammende Fresken freigelegt worden. Der Turm der Pfarrkirche wurde – vermutlich unter Nutzung des spätgotischen Unterbaus – aber erst im Jahr 1698 in etwa auf seine heutige Höhe gebracht; damals erhielt der Turm auch sein barockes Erscheinungsbild.

Im Jahr 1956 wurde am Bogen des Langhauses auch die Inschrift „Renoviert 1628“ freigelegt. Nach der Brandschatzung von Pfarrkirche, Pfarrhof und Benefiziatenhaus durch das bayerische Kriegsvolk im Jahr 1620 kam es erst im Jahr 1628 zur Beseitigung der größten Schäden im Langhaus der Pfarrkirche. Dabei wirkte sich aus, dass Schloss und Grundherrschaft Starhemberg (für die Pfarrkirche zuständige Kirchenvogtei) im Jahr zuvor (1627) an das Hochstift Passau gekommen waren. Zuvor standen Schloss und Grundherrschaft Starhemberg in landesfürstlichem Besitz (Verkauf seitens der Starhemberger im Jahr 1379).

Nach der Brandschatzung des Jahres 1620 war der Hochaltar der Pfarrkirche zum hl. Petrus erst im Jahr 1630 neu errichtet worden. Der betreffende Hochaltar war aber nach mehr als 140 Jahren baufällig geworden. So stammt der heutige Hochaltar aus der Zeit des Spätrokoko (um 1774). Im Zentrum des Hochaltars ist eine figurale Gruppe dargestellt, in welcher Jesus die Schlüsselgewalt an Petrus überträgt. Der Altaraufsatz wird insbesondere durch eine frühbarocke Muttergottes-Statue mit dem Christuskind (2. Drittel des 17. Jahrhunderts) geziert.

Seit dem Jahr 2007 fallen die Pfarrkirche zum hl. Petrus, der Friedhof und der Pfarrhof unter die Bestimmungen des Denkmalschutzgesetzes.

Das äußere Erscheinungsbild des heute zu sehenden Pfarrhof-Gebäudes geht vor allem auf den im Jahr 1733 fertig gestellten Neubau einschließlich der durch den Brand im Jahr 1745 notwendig gewordenen Renovierungsarbeiten zurück. Aber auch die weiteren Renovierungen – wie jene im Jahr 1995 – prägen die Außenansicht des Pfarrhof-Gebäudes.

Zum Pfarrhof Rottenbach gehörten bzw. gehören auch die im Zusammenhang mit der Kirchen- bzw. Pfarrpfründe seinerzeit gewidmeten landwirtschaftlichen Nutzflächen. Der Wirtschaftsbetrieb der Pfarrpfründe wurde in den frühen 1960-er Jahren aufgelöst; die landwirtschaftlichen Pfründegründe sind seither verpachtet. Gleichzeitig hat sich das Flächenausmaß der Liegenschaften der Pfarrpfründe durch Grundstücksverkäufe verringert.

Dem jeweils eingesetzten Seelsorger (Pfarrer bzw. Pfarrprovisor, früher von einem Kooperator unterstützt) kommt eine – auch kirchenrechtlich – sehr maßgebliche Funktion in der Pfarre, unter anderem als Vermittler der Glaubensbotschaft, zu. Eine unverzichtbare Voraussetzung für die Lebendigkeit des Pfarrlebens stellt aber auch die Mitwirkung der Laien in der Pfarre dar.